Table 6 All 20(F) eij-type footprint states generated by the eij-type dimmers.
From: A Metastate HMM with Application to Gene Structure Identification in Eukaryotes
Dimer index | EIJ-type generating dimer | EIJ-type generated footprint state | ||
|---|---|---|---|---|
For generating dimer positions 0,…, F−1 | ||||
0 | … | F−1 | ||
0 | e 0 i 0 | e 0 i 0⋯ i 0 | … | e (1-F)mod3 e (2-F)mod3⋯ e 0 i 0 |
1 | e 1 i 1 | e 1 i 1⋯ i 1 | … | e (2-F)mod3 e (-F)mod3⋯ e 1 i 1 |
2 | e 2 i 2 | e 2 i 2⋯ i 2 | … | e (-F)mod3 e (1-F)mod3⋯ e 2 i 2 |
3 |  ê 0 î 0  |  ê (1-F)mod3 ê (2-F)mod3⋯ ê 0 î 0  | … |  ê 0 î 0 ⋯ î 0  |
4 |  ê 1 î 1  |  ê  (2-F)mod3  ê (-F)mod3⋯ ê 1 î 1  | … |  ê 1 î 1 ⋯ î 1  |
5 |  ê 2 î 2  |  ê  (-F)mod3  ê (1-F)mod3⋯ ê 2 î 2  | … |  ê 2 î 2 ⋯ î 2  |
6 | i 0 e 1 | i 0 e 1 e 2⋯ e (F)mod3 | … | i 0⋯ i 0 e 1 |
7 | i 1 e 2 | i 1 e 2 e 0⋯ e (F+1)mod3 | … | i 1⋯ i 1 e 2 |
8 | i 2 e 0 | i 2 e 0 e 1⋯ e (F-1)mod3 | … | i 2⋯ i 2 e 0 |
9 |  î 0 ê 1  |  î 0 ⋯ î 0 ê 1  | … |  î 0 ê 1 ê 2 ⋯ ê (F)mod3 |
10 |  î 1 ê 2  |  î 1 ⋯ î 1 ê 2 | … |  î 1 ê 2 ê 0 ⋯ ê (F+1)mod3 |
11 |  î 2 ê 0  |  î 2 ⋯ î 2 ê 0  | … |  î 2 ê 0 ê 1 ⋯ ê (F-1)mod3 |
12 | (e 2 j) TAA | (e 2 j) TAA jj ⋯ j | … | e (-F)mod3 e (1-F)mod3⋯ (e 2 j) TAA |
13 | (e2j)TAG | (Similar to above) | … | (Similar to above) |
14 | (e 2 j) TGA | "  " | … | "  " |
15 | (ê 2 j) TAA |  ê (-F)mod3 ê (1-F)mod3⋯ ( ê 2 j) TAA | … | (ê 2 j) TAA j ⋯ j |
16 | (ê2j)TAG | (Similar to above) | … | (Similar to above) |
17 | (ê2j)TGA | "  " | … | "  " |
18 | je 0 | je0e1⋯ e(F-1) mod 3 | … | jj ⋯ je0 |
19 | j ê0  | jj ⋯ j ê0  | … | j ê0 ê1⋯ ê(F-1) mod 3 |