Table 5 All 13 xx-type footprint states generated by the xx-type dimmers.
From: A Metastate HMM with Application to Gene Structure Identification in Eukaryotes
Dimer index | xx-type generating dimer | xx-type generated footprint state |
|---|---|---|
0 | i 0 i 0 | i 0 i 0⋯ i 0 |
1 | i 1 i 1 | i 1 i 1⋯ i 1 |
2 | i 2 i 2 | i 2 i 2⋯ i 2 |
3 |  î 0 î 0  |  î 0 î 0 ⋯ î 0  |
4 |  î 1 î 1  |  î 1 î 1 ⋯ î 1  |
5 |  î 2 î 2  |  î 2 î 2 ⋯ î 2  |
6 | e 0 e 1 | e 0 e 1⋯ e (F)mod3 |
7 | e 1 e 2 | e 1 e 2⋯ e (F+1)mod3 |
8 | e 2 e 0 | e 2 e 0⋯ e (F-1)mod3 |
9 |  ê 0 ê 1  |  ê 0 ê 1 ⋯ ê  (F)mod3 |
10 |  ê 1 ê 2  |  ê 1 ê 2 ⋯ ê (F+1)mod3 |
11 |  ê 2 ê 0  |  ê 2 ê 0 ⋯ ê (F-1)mod3 |
12 | jj | jj ⋯ j |